Höhlenfauna (zoolog.) ist die Bezeichnung für die Gesamtheit der unterirdisch in Höhlen lebenden Tiere, deren bekannte Zahl bereits eine beträchtliche ist und von Jahr zu Jahr wächst. Ausgezeichnet sind alle wahren Höhlentiere durch zwei Hand in Hand gehende negative Charaktere, Mangel der Farben und Mangel der Augen (soweit solche bei den betreffenden Tiergruppen überhaupt vorkommen). Sie sind rückgebildet infolge des Fehlens von Licht; indessen werden die Augen bisweilen durch besondere Tasthaare ersetzt. Tiere der verschiedensten Ordnungen nehmen an der Bildung der H. teil: von Wirbeltieren der Olm (s. d., Proteus anguineus) und ein Fisch der nordamerik. Höhlen (EKmblyopsis spelaeus), der zu den Heteropygiern gehört und nach Putnam, dem besten Kenner, von Seefischen, aber nicht von Süßwasserfischen abstammen soll, da keine verwandte Form sonst in der Gegend lebt und ein auf ihm schmarotzender Krebs einer Familie echter Seekrebse angehört. Gliedertiere sind die zahlreichsten Höhlentiere und verteilen sich in den krainer Höhlen nach Joseph auf die Ordnungen der Insekten (52 Arten), Tausendfüße (5 Arten), Spinnen (26 Arten) und Crustaceen (17 Arten). Außerdem entdeckte Joseph in den krainer Höhlen einen Süßwasserpolypen und einen Süßwasserschwamm (Spongilla stygii). Außer den krainer Höhlen wurden besonders die nordamerikanischen und die der Pyrenäen untersucht und in ihnen ein ähnliches Tierleben nachgewiesen.